1.概念上差别
宝石
狭义：指自然界中颜色艳丽，透明度好，硬度不低于玻璃（摩氏硬度在5.5以上），稀少而且化学性质稳定，即使透明度不是很好，但是要具有特殊的光学效应，颗粒大于3MM的并可琢磨成宝石首饰矿物单晶体。
从狭义上说，宝石是把玉石排除在外的。广义的宝石，凡是适于琢磨和雕刻成精美首饰和工艺品的原料均属宝石，玉石则属于宝石。
玉石
狭义仅指硬玉（以缅甸翡翠为优良代表）和软玉（以和田玉为优良代表）；广义则包括许多种用于工艺美术雕琢的矿物和岩石。
2、矿物学上的差别
宝石玉石最大区别就是矿物晶体结构：宝石--单体形式，内部各个原子、分子是按规律严格、有序、重复排列的。
晶体用我们的肉眼就可以看见，它们大多为结晶单质元素（如金刚石——钻石），少数为双晶、连晶或化合物（如刚玉——红、蓝宝石等）。
不过也有少数是天然单矿物集合体叫做宝石，如欧泊、青金石，还有一些有机质，如琥珀、珍珠、珊瑚、象牙，也包括在广义的宝石之内，他们又被称作生物宝石。
玉石--集合体，由无数细小的我们肉眼无法看到的晶体组成，只有在高倍电子显微镜下我们才能看清它的结构，晶体与晶体间的排列几乎没有规律。
通常人们谈论时提及的玉石主要是指和田玉（白色为典型颜色）和翡翠（绿色为典型颜色），这两种玉石是目前国际上公认比较有价值的玉石。
3、工艺属性
切割：晶体的特性是各晶格有规律地排列，但单晶体的宝石一般脆性比较大，撞击敲打都容易产生裂隙，并且一有裂可能就会深入到内部，即所谓“十宝九裂”，天然的宝石出现裂隙是比较常见的。
这样，对宝石进行加工时主要是采取研磨工艺，避免敲打产生裂，将宝石磨制成一些规则的几何多面体，如圆钻形、梨形、椭圆形、橄榄形（马眼形）、祖母绿形等。
玉石是无数晶体的“杂乱”排列，少了“规律”，所以玉石不会有规则的几何外形，但其韧性较好，不容易产生裂隙，加工主要是以雕刻琢磨工艺为主，可以加工成各种图案，反映一定的文化寓意，所谓“玉不琢不成器”。
体积：由于晶体的自限性等习性，宝石一般是比较小的，而玉石在理论上是可以很大的，比如在辽宁有一座小山约几百吨是一块质地不错的完整的岫岩玉。所以，宝石都为素面、镶嵌首饰，玉石有大量雕件。
4、审美属性：对宝石，人们追求其透明、颜色、光亮程度、火彩、透明度和规则美观的几何外形。玉石主要强调的是颜色、质地的细腻、光滑圆润、通透明亮程度和文化性的表现。
透明度：宝石通常是透明的，由于表面极光滑，使宝石表面反射光线的能力比较强，并且光线可以进入宝石内部经过反射和折射再离开宝石到达我们的眼睛，所以我们看到的净度高切割好的宝石通常总是闪闪发亮。
玉石由于它是由无数个细小的晶体组成，晶体之间总是有缝隙的，所以加工的师傅抛光的再好，也不可能达到宝石表面的光洁程度，光线在玉石表面形成的轨迹如同阳光洒在有波浪的湖面上，这种效应又称作漫反射。所以我们通常看到的玉的表面是水润或油润的质感。由于光线很少能深入宝石内部，所以我们通常感觉玉石是半透明的，当然例外也是有的，顶级的翡翠也可以是近乎透明的。
目前，自然界已经发现的矿物及矿物集合体近3000种。其中，可作为宝玉石的矿物及其集合体约有230余种，而较常见的宝玉石原料仅有30余种。
因为宝石、玉石概念很多在学术上面都还有待于仔细研究和归类，而且生活中人们所说的宝石、玉石笼统的概念和严谨的科学分类之间也存在这差别，所以，建议宝玉石爱好者在购买宝玉石首饰的时候，不能笼统的问卖家商品是不是玉，是不是宝石等一些笼统的问题，而是应该问清楚商品的矿物质名称，仔细进行比对，做到心中有数。
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